Règne fongique

Le Règne des Champignons

Depuis les tavaux de Wittaker et de Kendrick, l'ensemble de la biosphère est classé en cinq règnes principaux :

1. les Procaryotes : bactéries et cyanobactéries dépourvues de noyau.
2. les Protistes : eucaryotes (la cellule possède un noyau) unicellulaires.
3. les Végétaux : eucaryotes pluricellulaires réalisant la photosynthèse.
4. les Animaux : eucaryotes pluricellulaires hétérotrophes qui ingèrent.
5. les Champignons : eucaryotes pluricellulaires hétérotrophes qui absorbent.

Remarque : plusieurs groupes de position systématique délicate, sont actuellement placés dans les Protistes ; pour simplifier la classification et ne pas entrer dans des considérations phylogénétiques complexes, nous les conserverons sous cette "étiquette" unique.

pas de noyau	chromosomes enfermés dans un noyau
chromosomes en vrac dans le cytoplasme	- unicellulaires - parfois pluricellulaires - sans différenciation cellulaire	presque toujours pluricellulaires (avec différenciation cellulaire)
		autotrophes	hétérotrophes
		photosynthèse	ingestion	absorption
PROCARYOTES	PROTISTES	VÉGÉTAUX	ANIMAUX	CHAMPIGNONS

Vue d'ensemble simplifiée des caractères des 5 règnes

Les champignons ne sont donc plus placés parmi les Végétaux (en tant que Cryptogames, Thallophytes, non chlorophylliens) ; ils constituent un règne autonome, le cinquième règne ou règne fongique [du latin fungus = champignon].

Caractères des champignons :

1 - eucaryotes : les chromosomes sont enfermés dans un noyau ;

2 - hétérotrophes : incapables d'utiliser l'énergie solaire, ils utilisent de nombreuses molécules carbonées fabriquées par d'autres êtres vivants ;

3 - absorbotrophes : dépourvus de racines, tiges et feuilles, leurs cellules permettant la nutrition par absorption ;

4 - leur appareil végétatif est ramifié, diffus et tubulaire ; il est constitué de filaments fins enchevêtrés, les hyphes, à croissance apicale ;

5 - fabrication de substances qui leur sont propres (tréhalose, mannitol...), leur paroi contient de la callose, de l'hémicellulose et de la chitine (voisine de la chitine des insectes) ; leur premier polymère glucidique est le glycogène ;

6 - reproduction par des spores de natures diverses, issues d'une reproduction asexuée ou sexuée (et alors haploïdes après une phase à dicaryon plus ou moins longue) ; élaboration fréquente de structures de formes très variables portant ces spores : les sporophores.

7 - spores non flagellées (uniflagellées chez les Chitridiomycota).

Modes de vie des champignons :

Les champignons, dépourvus de chlorophylle, sont incapables d'utiliser l'énergie solaire. Pour se développer ils vont exploiter (comme nous le faisons nous-mêmes) l'énergie provenant de la dégradation de la matière organique élaborée par d'autres êtres vivants. Ils sont hétérotrophes vis-à-vis du carbone et trouvent leur "nourriture" selon 3 modalités différentes.

La nécrotrophie [ou saprophytisme] : Les champignons nécrotrophes (autrefois appelés saprophytes) se développent aux dépens de la matière organique en décomposition (litière, bois mort, excréments...). Ce mécanisme permet le recyclage des éléments à la surface de la planète.

Le biotrophie [ou parasitisme] : Les champignons biotrophes (ce terme est actuellement préféré à celui de "parasites") puisent leur matière organique dans un être vivant (animal, champignon ou végétal) et provoquent diverses maladies dont les mycoses humaines. De nombreuses plantes cultivées sont ainsi la proie de champignons microscopiques (oïdiums, fusariums, rouilles...).

La symbiose :
1er cas : les champignons s'associent avec un partenaire chlorophyllien macroscopique, Spermaphyte, Ptéridophyte ou Bryophyte : il y a symbiose mycorhizique.
2ème cas : Les champignons s'associent avec un partenaire chlorophyllien microscopique, Algue ou Cyanobactérie : il y a symbiose lichénique.

Classification des champignons :

Le règne fongique comprend actuellement environ 70 000 espèces recensées (parmi lesquelles 13500 sont lichénisées et font l'objet d'une science autonome : la lichénologie). Mais les estimations actuelles, proposées par extrapolation, évaluent le nombre effectif de champignons, à la surface de la planète, à plus d'un million d'espèces.

Les organismes fongoïdes [ce terme non officiel rassemble artificiellement l'ensemble des organismes classiquement étudiés par les mycologues et donc considérés comme des "champignons" au sens strict, mais appartenant actuellement soit au règne fongique, soit à d'autres règnes] étudiés par les mycologues peuvent être répartis en 3 groupes d'origine phylogénétique diverses (seul le dernier groupe doit actuellement être conservé dans le règne fongique) :

1. les "Myxostelideae" :

Les "Myxostelideae" classiquement appelés Myxomycètes [autrefois de la division des Gymnomycota] : ils possédent un plasmode et assurent leur nutrition par phagocytose. Ils ne présentent pas les caractères énumérés précédemment et ne peuvent plus être considérés comme des champignons au sens strict (Certains sont classés dans les Protistes, d'autres ne peuvent que faire l'objet d'un règne autonome). Ils sont toutefois étudiés par tradition par les mycologues.

2. certains "Stramenopila" :

Le groupe monophylétique des "Stramenopila" contient les Oomycètes (comme les mildious), les diatomées, les algues brunes...
Les mycologues étudient depuis toujours les Oomycètes, ceux-ci présentent une reproduction sexuée au cours de laquelle sont élaborées des spores bi-flagellées. Leur thalle n'est pas cloisonné (thalle siphonné, thalle à structure coenocytique). La plupart de ces êtres sont de redoutables parasites de nos cultures (exemple : le mildiou de la vigne...).

3. les "Mycota" correspondent au règne fongique actuel au sens strict :

ayant une reproduction sexuée et produisant des spores non (ou uni) flagellées. Ce sont ces organismes qui constituent le règne fongique au sens strict et que nous classons en quatre grandes divisions :
- les Chytridiomycota produisant des spores mobiles uniflagellées,
- les Zygomycota à spores non flagellées et à thalle siphonné (Trichomycètes et Zygomycètes),
- les Ascomycota à spores non flagellées, à thalle septé et formant en général 8 ascospores à l'intérieur de chaque asque (l'asque étant le méiosporange, cellule fertile dans laquelle se déroule la caryogamie et le brassage génétique),
- les Basidiomycota à spores non flagellées, à thalle septé et donnant en général 4 basidiospores à l'extérieur de chaque baside (qui constitue ici le méiosporange).

Note : les Deuteromycota ou "Champignons imparfaits" [qui constituaient une division dans les schémas de classification antérieurs et regroupaient les formes dépourvues de reproduction sexuée (jamais d'asques ni de basides) mais se reproduisant uniquement par voie végétative] ne sont plus reconnus en tant que division autonome : on place ces formes asexuées dans les divisions auxquelles appartiennent leur phase sexuée (soit Asco- soit Basidiomycota). Si on ignore (pour le moment) à laquelle de ces divisions appartient leur forme sexuée, deux cas de figure se présentent :
1) soit les données biochimiques ou moléculaires permettent d'attribuer ces champignons imparfaits à l'un ou l'autre de ces groupes ;
2) soit on les conserve provisoirement dans un ensemble artificiel (sans valeur hiérarchique dans la systématique) dénommé "ensemble des champignons mitotiques".